Ο Οδηγός Χρηματοδότησης του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας περιγράφει αναλυτικά τα όργανα και τις διαδικασίες για την αξιολόγηση, επιλογή και χρηματοδότηση των ερευνητικών δραστηριοτήτων , για την οικονομική διαχείριση των έργων και για τη διάδοση των αποτελεσμάτων των ερευνών και των άλλων δραστηριοτήτων που χρηματοδοτούνται μέσω του Λογαριασμού.
Με τον οδηγό καθορίζονται επίσης οι αρμοδιότητες και οι υποχρεώσεις των υπευθύνων έργου, για τις διάφορες κατηγορίες δραστηριοτήτων (ανάπτυξη εκπαιδευτικής υποδομής, ερευνητικά έργα, έργα επιμόρφωσης κλπ), καθώς και θέματα αμοιβών των συμμετεχόντων σε έργα που χρηματοδοτούνται μέσω του Λογαριασμού.
Ο οδηγός χρηματοδότησης εγκρίνεται από τη Σύγκλητο και μπορεί, εφόσον προκύπτει ανάγκη, να τροποποιείται και να συμπληρώνεται.
Το κείμενο του οδηγού και κάθε τροποποίησή του κοινοποιούνται στα Υπουργεία Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων, Ανάπτυξης και Οικονομικών.